Pripada franjevcima rodom s Hardomilja koji se bave dušobrižničkim, administrativnim, profesorskim, arheološkim i znanstvenim radom. Imao je rođaka mučenika fra Leonarda Rupčića, ujaka profesora i provincijala fra Luju Bubala i brata bibličara fra Ljudevita.

Rodio se 10. srpnja 1910. godine na Hardomilju u obitelji Marijana i Anice r. Bubalo. Na krštenju su mu dali ime Ivan. Prva škola vjere, uljudbe i poštenja bila je u toj uzornoj obitelji koja je dala hercegovačkoj franjevačkoj zajednici još jednog sina – fra Ljudevita. Osnovnu školu završio je 1923. godine na Humcu. Potom odlazi na Široki Brijeg gdje je završio sjemenište i gimnaziju od 1923.-1931. godine. U međuvremenu, 29. lipnja 1928. godine u franjevačko odijelo ga je obukao, redovničko ime fra Bonicije dao, redovničke zavjete primio i odlučujuću ulogu u njegovome povijesno-znanstvenom radu odigrao tadašnji provincijal i glasoviti povjesničar dr. fra Dominik Mandić.

Studij filozofije i teologije 1931. godine započinje u Mostaru, a nastavlja u Beču, gdje je 22. srpnja 1934. godine ređen za svećenika i završava u Breslau gdje je 1937. godine doktorirao iz teologije: pravnomoralna grupa. S kolegom fra Rufinom Šilićem bio je u Breslau najsposobniji student u njegovoj povijesti.

Tu je objavio svoju disertaciju na njemačkom jeziku: Entstehung der Franziskanerpfarrein in Bosnien und der Herzegowina und ihre Entwiklung bis zumJahre 1878., Breslau 1937., S, XI+171+2- što znači Postanak franjevačkih župa u Bosni i Hercegovini i njihov razvoj do godine 1878. Breslau, 1937.

Po završetku studija, 23. lipnja 1938. godine vraća se u Mostar za profesora na Franjevačkoj bogosloviji. Međutim, znanstveni svijet je, preko nekolicine stručnih recenzija, bio upoznat sa stručnom osposobljenošću našeg fra Bonicija, pa ga je dr. fra Karlo Balić tražio da dođe u Rim i bude suradnik Međunarodne skotističke komisije. Provincija ga je nerado žrtvovala i dopustila mu da pođe u Rim. Potrebe Provincije ubrzale su njegov povratak. Iz Rima se vratio 1940. godine, a na Balićevo insistiranje sljedeće godine ponovo boravi u Rimu. Hercegovački franjevci bili su mišljenja da je potrebniji pri odgoju budućih franjevaca nego da provodi vrijeme istražujući stare rukopise. Godine 1942. ponovno dolazi u Mostar i nastavlja odgajati franjevački podmladak – buduću plejadu mučenika, ispovjedalaca vjere – njih 66 i mlade stupove Crkve. Sljedeće godine postaje tajnik provincije. Kako su u to vrijeme Mostarski srednjoškolci i gimnazijalci bili prepušteni neizvjesnosti – većina njihovih profesora uključila se u partizanske redove, fra Bonicije sa ostalim profesorima teologije i pastoralnog osoblja u Mostaru organiziraju programsku nastavu mostarskih srednjoškolaca. Zahvaljujući franjevačkim profesorima, posebno fra Rufinu Šiliću, fra Mladenu Barbariću, fra Gaudenciju Ivančiću, fra Bosiljku Vukojeviću i fra Boniciju, srednjoškolci nisu gubili godine nego su redovito završavali pojedine razrede i polagali ispite zrelosti pred komisijom koje je imenovala hrvatska vlast.

U Mostaru ostaje do 1949. godine kao tajnik i definitor Provincije. Tada je uhićen, osuđen i zatvoren (1949 — 1956.). I u zatvoru su tražili njegovu znanstvenu stručnost pa su ga sa drugim poznavateljima stranih jezika uputili vlakom iz Zenice za Sremsku Mitrovicu. Na putu su doživjeli prometnu nezgodu.

Godine 1956. počinje djelovati na Franjevačkoj teologiji u Sarajevu. Od veljače do lipnja 1961. godine predaje grčki jezik na Dominikanskoj gimnaziji u Bolu. Od veljače 1962. do travnja 1967. godine boravio je u Visokom kao profsor prava i moralke na Teologiji i duhovnik u Franjevačkom sjemeništu. Iste godine bio je generalni vizitor Provincije Presvetoga Otkupljenja. Časne sestre dobro pamte fra Bonicija, a i on je njih dobro poznavao i bio im na usluzi u svimnjihovim potrebama – posebno kao kapelan u Bijelom Polju.

Poznata je njegova uloga u spašavanju Židova i Srba u strahotama drugog svjetskog rata.

Vodeći se uputama nadbiskupa Alojzija Stepinca, kao što je vidljivo iz navedenih iskaza, hercegovački su franjevci u Mostaru omogućivali Srbima dragovoljni prijelaz na katoličku vjeru te im tako spasili živote. To potvrđuje i pismo fra Bonicija Rupčića upućeno fra Dominiku Mandiću 16. listopada 1942., u kojem fra Bonicije govoreći o stanju u provinciji kaže Dominiku da želi ostati u zemlji zbog ratnih neprilika. Među ostalim, kaže da ima u planu približiti se vodećim Srbima “kako bi spasio što se spasiti da”.

Od 1942. do sredine 1943. generalni vikar fra Leo Petrović zajedno s fra Bonicijem Rupčićem i dr. Cvitanom Spuževićem formirao je Odbor za pomoć ugroženim osobama. U pismu fra Dominiku Mandiću od 16. listopada 1942. fra Bonicije kaže da je fra Leo Petrović bio posrednik i preko njega je sve išlo.

Novac za rad Odbora prikupljali su od hrvatskih provincijala, a uz ostale, novac je slao fra Dominik Mandić. U Odboru za pomoć ugroženim osobama osim navedenih Hrvata bili su mostarski Srbi Milivoj Jelačić i Đorđe Obradović. U pismu fra Dominiku od 18. siječnja 1943. fra Bonicije kaže da je poslan iznos od 269 tisuća kuna te uglavnom podijeljen među srpskom sirotinjom.

U jednom razgovoru za medije upitan :Koga biste izdvojili kao primjer u Hercegovini i Hrvatskoj? Tko su po vama neupitni i najvažniji svjedoci vjere i domoljublja? – biskup u miru  dr. Ratko Perić fra Bonicija stavlja u društvo dvojice hrvatskih blaženika i mučenika Alojzija Stepinca i Miroslava Bulešića: “Kako ćeš između stotina tisuća istaknuti svjedoke iz Bleiburške tragedije (1945.), iz Hrvatskoga proljeća (1967.-71.), iz Domovinskoga rata (1991.-95.)? Po onome što sam čitao i čuo glasujem po dvojicu u Hercegovini: don Mate Nuić (1909.-1987. u zatvoru: 1948.-1955.) i fra Bonicije Rupčić (1910.-1984. u zatvoru: 1949.-1956.). U Hrvatskoj: nadbiskup Alojzije Stepinac (1898.-1960.), blaženi od 1998. Don Miroslav Bulešić (1920.-1947.), blaženi od 2013.”

Objava NA današnji dan 10.2.1984. preminuo fra Bonicije Rupčić – dobitnik nagrade za životno djelo Grada Ljubuškog 2024. pojavila se prvi puta na Ljubuški na dlanu.